هناك اختلاف في وجهات النظر بين الإخوان المسلمين حول أحمد زويل، ليس من الناحية العلمية ولكن من الناحية السياسية، فبعضهم يؤكد تدعيمه للنظام الحاكم الحالي والذي يعتبره الإخوان المسلمين غير شرعي، وذلك من خلال كتابه لمقال في إحدى الصحف الأمريكية منذ عام تقريباً يدافع فيه عن النظام الحالي، ويطالب أمريكا بدعمه والوقوف بجواره.
في ذات الوقت ينظر إليه البعض الآخر نظرة محايدة، وذلك لأن أحمد زويل في لقاء له مع لميس الحديدي وأثناء سخريتها من الدرجة العلمية للدكتور محمد مرسي، أحرجها زويل مؤكداً لها أن محمد مرسي بالفعل عالم حقيقي وله مكانته العلمية في مجال تخصصه.
وفي هذا الإطار نقل المخرج الشهير عز الدين دويدار خبر عن زوجات أحد معتقلي سجن جمصة، أكدت من خلاله أن الإخوان المعتقلين في هذا السجن قاموا بأداء صلاة الغائب على روح أحمد زويل، وكتب عز ذلك في تدوينة له على حسابه على الفيسبوك.
